Blogabriel

Ces outils permettent de concevoir une ontologie en la modelant. L’UX et l’ergonomie de ces outils est leur principal valeur ajoutée. En voici quelques-uns…

Catégorie : ceux qui marchent

• Altova Semantic Works
• Hozo Ontology Editor
• Neologism, un outil du Deri
• Neon est un ensemble très complet d’outils (plus de 45 plug-in)
• Pool Party (vocabulary modeler) est techno autrichienne qui a fêté ses 10 ans
• Protege est de loin le modeleur le plus célèbre, le plus téléchargé, le plus utilisé
• Text Editor
• Top Braid Composer est un modeleur très complet qui se présente sous la forme d’un plug-in d’Eclipse
• Visual Ontology Modeler

Catégorie : les morts-vivants, on ne sait pas trop

Catégorie : les disparus

Voici quelques bonnes pages pour découvrir encore d’autres outils…

• TechWiki
• La page du W3C
• 185 Ontology Building Tools

Ce ne sont pas vraiment des éditeurs puisque leur propos est de naviguer dans une ontologie pour en découvrir les coins et les recoins. Ce sont des outils utiles pour comprendre une ontologie et pour l’utiliser. L’UX et l’ergonomie de ces outils est leur principal valeur ajoutée. En voici quelques-uns…

Catégorie : ceux qui marchent et sont d’un usage général

• ATop est navigateur et un éditeur de topic map (écrit en Java, supportant les spécifications XTM 1.0)
• jOWL Ontology Browser
• ontology-browser, développé par l’Université de Manchester

Catégorie : ceux qui marchent et sont spécialisés

• MISO sequence ontology browser pour naviguer dans l’ontologie de séquence (SO)
• Ontology Lookup Service, développé dans le cadre du projet PRIDE, permet de naviguer dans 85 ontologies médicales (Open Source)
• VectorBase ontology-browser pour naviguer dans les ontologies sur les invertébrés vecteurs d’agents pathogènes humains

Malgré leur utilité manifeste, ces outils sont encore bien rares. Voici une bien maigre moisson. Merci de me laisser un commentaire pour m’en signaler d’autres, que je mette à jour cette page.

Catégorie : ceux qui marchent

• Alignment server 4.5 est un serveur d’alignement d’ontologies développé dans la lignée de la version 4.0 signée par Jérôme David, Jérôme Euzenat, François Scharffe, Cássia Trojahn dos Santos
• NeON, c’est un plugin d’alignement.
• Ontology Alignment Evaluation Initiative

Des informations utiles sont disponibles sur http://ontologymatching.org/ : références aux outils existants et liste des publications scientifiques.

Les éditeurs d’ontologie aident à la création, la modification, la visualisation et bref à la manipulation d’ontologies, et ici manipulation veut dire que le travail est plutôt manuel !

Ils gèrent les ontologies dans un ou plusieurs des langages d’expression des ontologies. Certains outils fournissent des exportations vers d’autres langages d’ontologie. Les plus simples seront des éditeurs syntaxiques réagissant à l’un des langages de description d’ontologies, en premier lieu : OWL. Il y a aussi des outils très voisins comme des éditeurs SKOS et des gestionnaires de thésaurus.

Voici quelques outils, il y en a beaucoup d’autres (vous pouvez d’ailleurs me laisser un commentaire pour je mette à jour cette page).

Catégorie : ceux qui marchent

• Altova est un éditeur OWL payant
• Apollo. C’est un éditeur d’ontologie. Il est téléchargeable avec sa documentation (version de 2004).
• CmapTools Ontology Editor (COE) est un éditeur d’ontologies en techno Java téléchargeable pour Windows, Linux, Solaris et MacOS X. Il supporte de nombreux formats.
• DOE (Differential Ontology Editor) est un éditeur d’ontologies développé à Eurécom. Il supporte de nombreux formats. Dernière version : 1.51 de 2003.
• EMFText OWL2 Manchester Editor, basé sur Eclipse, open-source, et intégrant Pellet (raisonneur)
• Euler GUI est un éditeur qui prend en compte des sources en N3, RDF, OWL, UML, eCore, plain XML ou XSD, des fichiers ou des URL. Il y a d’autres choses encore, à fouiller !
• FlexViz est un outil de visualisation graphique (en Adobe Flex). Il permet aux utilisateurs de parcourir une ontologie unique où les concepts sont représentés par des nœuds et les relations entre les concepts (par exemple « is_a », « part-of ») sont représentés par des arcs.
• IBM Integrated Ontology Development Toolkit est une boîte à outils pour ontologies basée sur Eclipse qui offres des fonctions de stockage, manipulation, d’interrogation et d’inférerence
• ITM, Intelligent Topic Manager gère de manière unifiée des terminologies métier, des thésaurus, des taxonomies, un dictionnaire de métadonnées (Web Services, API et standards XML, SKOS, RDF).
• Knoodl is a community-oriented ontology and knowledge base editor.
• Neologism est un éditeur de vocabulaire en ligne et une plateforme de publication
• NeOn Toolkit est un éditeur très complet (beaucoup de pluggins). Il est recommandé pour les gros projets, par exemple pour les ontologies multi-modulaires, multilingues ou la fusion d’ontologie
• Ontopia est une suite open source des outils pour construire des applications basées sur les Topic Maps, fournissant des fonctionnalités telles que designer d’ontologie, un éditeur de données d’instance, un langage de requête complet, les points d’accès aux services web, base de données de stockage, et ainsi de suite.
• OntoStudio est un outil basé sur Eclipse. Il est téléchageable, supporte RDF(S), OWL et F-Logic. Cet éditeur permet d’édition graphique des règles, et la visualisation. Il a été conçu par ontoprise (version d’essai pendant 3 mois)
• PoolParty est un éditeur SKOS et un gestionnaire de thésaurus
• Protégé est un éditeur open source très complet (beaucoup de plugins). Il est le plus célèbre de sa catégorie. On pourrait aussi dire de lui que c’est un « modeleur d’ontologie ». Il propose deux types de modélisation d’ontologies : Protégé-Frames et Protégé-OWL. Les ontologies créés dans Protégé peuvent être exportées dans les formats RDF(S), OWL et XML Schema.
• SWOOP est un petit éditeur très simple
• TopBraid Composer est l’éditeur multi-propos de TopCadrant
• Vitro est un éditeur intégré et une application web de navigation (‘Université Cornell, 2011)
• WebProtégé la version en ligne de Protégé

Catégorie : les morts-vivants, on ne sait pas trop

• Chimaera aide les utilisateurs à créer et maintenir des ontologies. Ses deux grandes fonctions sont a) la fusion et b) le diagnostic d’ontologies.  Il permet aussi  le chargement de bases de connaissances dans différents formats, la réorganisation de taxonomies, et fonctions majeurs : il supporte la fusion de plusieurs ontologies et le diagnostic d’une ontologie ou de plusieurs. On ne parvient pas à accéder au téléchargement, il faut probablement entrer en contact avec le labo de Stanford.

Catégorie : les disparus

• Java Ontology Editor (JOE) (1998)
• OilEd, un éditeur élémentaire d’ontologie pour la création d’ontologies basées sur OIL. Réalisé à l’Université de Manchester, il n’est plus maintenu.
• Ontofly était un éditeur en ligne.

Bibliographie

• Comparison of Ontology Editors (2012)
• Survey about Ontology Development Tools for Ontology based Knowledge Management (date ?)

(Mise à jour le 14 avril 2013)

Devant la difficulté de créer une ontologie, on peut vouloir en trouver une qui corresponde à son besoin. Mieux, on peut vouloir trouver une ontologie existante car elle aura déjà fait ses preuves, elle aura peut-être une communauté d’adorateurs. Bref, il n’est pas besoin de vous dire l’utilité des moteurs de recherche qui vous permettront de trouver l’ontologie de vos rêves.

L’utilisation de ces moteurs est un peu particulière. L’expression de la recherche se fait en langage naturel avec des mots clés et les résultats produits sont classés. Certaines informations supplémentaires sont souvent fournies.

Mais la difficulté n’est pas dans la recherche à proprement parlé. Une fois que vous avez une liste de résultats, la vraie question est : laquelle choisir ! C’est pour cette raison qu’il existe une nouvelle catégorie d’outils comme LOV (une version indépendante est hébergée à l’OKFN), un des modules de Datalift, destiné à cataloguer, trouver et choisir des ontologies. Ca mérite le détour.

Voici quelques outils, il y en a beaucoup d’autres (vous pouvez d’ailleurs me laisser un commentaire pour je mette à jour cette page).

Catégorie : ceux qui marchent

• FalconS pour chercher et trouver des objets, des concepts, des ontologies ou des documents. Pour les ontologies, les résultats sont rendus avec des graphes.
• LOV, l’outil de référence, recherche parmi des ontologies de référence.
• ontologi.es est une liste de liens … c’est très sommaire, mais ça peut servir (merci Raphaël)
• ontosearch pour chercher par des termes.
• Sindice, l’outil facile et utile pour trouver en soumettant des termes, des URI, des propriétés et un mode avancé pour aller plus loin. Il y a encore d’autres fonctions utiles …
• Swoogle est un ancien outil toujours en ligne, il n’a pas évolué depuis 2007.
• SWSE permet de rechercher des entités RDF (résultat universitaire, 2011)
• vocab.cc est un projet open source, qui permet de rechercher des vocabulaires de données liées. Il fournit un classement des URI. (Il tombe en 404 quand il ne trouve pas)
• vocab.org est destiné à être un espace d’URI ouvert pour des vocabulaires tels que RDF schema ou des documents d’espaces de noms XML (merci Raphaël)
• Watson est un moteur intéressant car il évolue régulièrement (à suivre).

Catégorie : les morts-vivants, on ne sait pas trop

Catégorie : les disparus

Définition

Commençons par rappeler ce qu’est une ontologie dans le monde du web des données. Pour cela, je vous renvoie à mon post Comment définir une ontologie ?

Synonyme

Le mot ontologie est souvent inconnu. Plutôt que d’être mal compris, il vaut mieux parfois proposer un synonyme. Vous pouvez choisir le mot « vocabulaire », il est régulièrement utilisé dans ce sens.

Expression

Pour exprimer une ontologie, il faut un langage. Le plus courant est aujourd’hui OWL. Ce chouette langage qui tire son nom d’un acronyme, Web Ontology Language, a été proposé dès 2004 au W3C (une version française de la proposition est disponible). En 2009, une proposition pour OWL 2 a été soumise, sa dernière version date de 2012.

Opérations

Avant de trouver des outils pour manipuler des ontologies, commençons par nous demander ce qu’on peut vouloir faire. Très simplement, on peut créer, modifier (ou transformer), éditer, tester, cataloguer, rechercher, comparer … des ontologies.

Donc, il nous faut des éditeurs (pour créer, modifier, éditer), des documenteurs, des validateurs (pour tester), des catalogueurs, des moteurs de recherche, des comparateurs, sans oublier des outils d’aide à des traitements plus complexes comme l’alignement d’ontologies, la gestion de version, le split d’ontologie ou son contraire la fusion (merge), la différence, etc…

Le premier travail, qui est loin d’être facile, c’est la création d’une ontologie (cela peut prendre plusieurs mois !), il n’est guère plus facile de propager les modifications induites par l’évolution d’une ontologie. Humm, ça sent les verrous technos !

Alors, il faut y aller en douceur : il y a des outils simples et puis des outils carrément pas simples. Et il y a des outils indépendants et des outils intégrés ou intégrables dans des plateformes, comme par exemple la plateforme Datalift.

Encore deux précisions importantes. La première est que la création d’une ontologie est une oeuvre de l’esprit plutôt que le résultat d’un traitement sauf pour la découverte automatisée de l’ontologie d’un ou plusieurs documents structurés, dans ce cas l’ontologie ad hoc n’apporte pas d’information, elle calque la réalité observée, pas plus. La deuxième est que plusieurs travaux scientifiques ont produit des outils qui ne sont malheureusement pas toujours pérenniser … et le 404 ou le 500 ne sont pas loin.

Dans les prochains posts, j’aborderai différentes catégories d’outils et je vous invite à réagir pour nous enrichir mutuellement de nos connaissances !