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Les éditeurs d’ontologie aident à la création, la modification, la visualisation et bref à la manipulation d’ontologies, et ici manipulation veut dire que le travail est plutôt manuel !

Ils gèrent les ontologies dans un ou plusieurs des langages d’expression des ontologies. Certains outils fournissent des exportations vers d’autres langages d’ontologie. Les plus simples seront des éditeurs syntaxiques réagissant à l’un des langages de description d’ontologies, en premier lieu : OWL. Il y a aussi des outils très voisins comme des éditeurs SKOS et des gestionnaires de thésaurus.

Voici quelques outils, il y en a beaucoup d’autres (vous pouvez d’ailleurs me laisser un commentaire pour je mette à jour cette page).

Catégorie : ceux qui marchent

• Altova est un éditeur OWL payant
• Apollo. C’est un éditeur d’ontologie. Il est téléchargeable avec sa documentation (version de 2004).
• CmapTools Ontology Editor (COE) est un éditeur d’ontologies en techno Java téléchargeable pour Windows, Linux, Solaris et MacOS X. Il supporte de nombreux formats.
• DOE (Differential Ontology Editor) est un éditeur d’ontologies développé à Eurécom. Il supporte de nombreux formats. Dernière version : 1.51 de 2003.
• EMFText OWL2 Manchester Editor, basé sur Eclipse, open-source, et intégrant Pellet (raisonneur)
• Euler GUI est un éditeur qui prend en compte des sources en N3, RDF, OWL, UML, eCore, plain XML ou XSD, des fichiers ou des URL. Il y a d’autres choses encore, à fouiller !
• FlexViz est un outil de visualisation graphique (en Adobe Flex). Il permet aux utilisateurs de parcourir une ontologie unique où les concepts sont représentés par des nœuds et les relations entre les concepts (par exemple « is_a », « part-of ») sont représentés par des arcs.
• IBM Integrated Ontology Development Toolkit est une boîte à outils pour ontologies basée sur Eclipse qui offres des fonctions de stockage, manipulation, d’interrogation et d’inférerence
• ITM, Intelligent Topic Manager gère de manière unifiée des terminologies métier, des thésaurus, des taxonomies, un dictionnaire de métadonnées (Web Services, API et standards XML, SKOS, RDF).
• Knoodl is a community-oriented ontology and knowledge base editor.
• Neologism est un éditeur de vocabulaire en ligne et une plateforme de publication
• NeOn Toolkit est un éditeur très complet (beaucoup de pluggins). Il est recommandé pour les gros projets, par exemple pour les ontologies multi-modulaires, multilingues ou la fusion d’ontologie
• Ontopia est une suite open source des outils pour construire des applications basées sur les Topic Maps, fournissant des fonctionnalités telles que designer d’ontologie, un éditeur de données d’instance, un langage de requête complet, les points d’accès aux services web, base de données de stockage, et ainsi de suite.
• OntoStudio est un outil basé sur Eclipse. Il est téléchageable, supporte RDF(S), OWL et F-Logic. Cet éditeur permet d’édition graphique des règles, et la visualisation. Il a été conçu par ontoprise (version d’essai pendant 3 mois)
• PoolParty est un éditeur SKOS et un gestionnaire de thésaurus
• Protégé est un éditeur open source très complet (beaucoup de plugins). Il est le plus célèbre de sa catégorie. On pourrait aussi dire de lui que c’est un « modeleur d’ontologie ». Il propose deux types de modélisation d’ontologies : Protégé-Frames et Protégé-OWL. Les ontologies créés dans Protégé peuvent être exportées dans les formats RDF(S), OWL et XML Schema.
• SWOOP est un petit éditeur très simple
• TopBraid Composer est l’éditeur multi-propos de TopCadrant
• Vitro est un éditeur intégré et une application web de navigation (‘Université Cornell, 2011)
• WebProtégé la version en ligne de Protégé

Catégorie : les morts-vivants, on ne sait pas trop

• Chimaera aide les utilisateurs à créer et maintenir des ontologies. Ses deux grandes fonctions sont a) la fusion et b) le diagnostic d’ontologies.  Il permet aussi  le chargement de bases de connaissances dans différents formats, la réorganisation de taxonomies, et fonctions majeurs : il supporte la fusion de plusieurs ontologies et le diagnostic d’une ontologie ou de plusieurs. On ne parvient pas à accéder au téléchargement, il faut probablement entrer en contact avec le labo de Stanford.

Catégorie : les disparus

• Java Ontology Editor (JOE) (1998)
• OilEd, un éditeur élémentaire d’ontologie pour la création d’ontologies basées sur OIL. Réalisé à l’Université de Manchester, il n’est plus maintenu.
• Ontofly était un éditeur en ligne.

Bibliographie

• Comparison of Ontology Editors (2012)
• Survey about Ontology Development Tools for Ontology based Knowledge Management (date ?)

Bâti sur un processeur ARM « Allwinner A10 » (développé par ARM Ltd, architecture RISC 32 bits) le Cubieboard est un ordinateur qui tient en une seule carte aux petites dimensions (10 cm x 6 cm).

Ses caractéristiques en font un bon candidat pour créer des individus du web des objets doués pour la vidéo. En effet, le A10 est une puce qui offre à la fois une lecture vidéo locale de 2160p travers une interface SATA/USB2.0 et une lecture de vidéo sur Internet de 1080p via Ethernet ou le WIFI. 1080p, c’est un ensemble de modes vidéo haute définition (HDTV) qui se caractérise par une résolution verticale de 1080 lignes horizontales et un balayage progressif (p). L’image n’est pas entrelacé, comme c’est le cas avec la norme d’affichage 1080i. Pour un écran 16:9, cette résolution de 1080 signifie une surface de 1920 × 1080, soient 2,1 mégapixels. On voit bien l’orientation du Cubieboard. Avec le support du 2160p, on est résolument dans la UHDTV.

Il intégre des Codec Vidéo et Audio et des ports HDMI, SATA, USB, MMC, infra-rouge… Côté mémoire, ce n’est pas mal non plus avec 0.5 ou 1 Go de DDR3 à 480 MHz. Et, pour finir, il tourne sous plusieurs distrib de Linux ou d’Androïd.

Pour en savoir plus, les bonnes pages sont :

En 2003, Gordon Kruberg crée la société Gumstix. Il lui donne un drôle de nom pour rappeler que son ambition est de fabriquer des ordinateurs de la taille d’un chewing-gum : gum-stick.

Il crée des cartes mères de très petites dimensions qui restent la propriété de l’entreprise. La première carte s’appelle Overo Earth, elle est basée sur un processeur 600 MHz, le TI OMAP 3503 (chip de chez Texas Instruments, Open Multimedia Applications Platform, conçu pour les développements multimédia mobile). La deuxième carte, Overo Air, a apporté le Bluetooth et le réseau sans fil. La troisième carte, Overo Water, est une évolution au niveau du processeur, c’est dorénavant un 720 Mhz, le TI OMAP 3530. La dernière carte, Overo Fire, comme la 2e améliorait la 1ère, a apporté le Bluetooth et le réseau sans fil à la 3e, l’Overo Water. Pour la mémoire, elles sont dotées de 256 MB de mémoire flash et de 256 MB de SDRAM. En dehors de ces cartes qui déclinent les 4 éléments, on trouve aussi une gamme Verdex Pro avec des processeurs à 300, 400, 500 et 600 MHz …

En revanche, il change de philosophie pour les cartes d’extension. En effet, ces dernières sont publiés sous licence « Creative Commone Share-Alike« , ou CC-SA. Ce qui veut dire que les créations dérivées seront à partager selon la même licence (SA). Et c’est là que ça devient intéressant avec une caméra HD, un accéléromètre, …

Pour le développement, il opte pour une pile logicielle basée sur Linux : le framework OpenEmbedded. Voici une bonne page d’info pour s’en débrouiller et une communauté partage un wiki. On trouve aussi des vidéos sur le site de Gumstix, mais aussi sur Youtube.

Avez-vous utilisé cette techno ? Qu’en pensez-vous ? Laissez un commentaire, merci.

Intro, by TED

Pour commencer, il faut rendre hommage à l’équipe qui a créé ce petit objet si plein de ressources. Cette conférence TED vous donnera la meilleure rétrospective (c’était en juin 2012) sous le titre Massimo Banzi: How Arduino is open-sourcing imagination. Comme souvent, pour les meilleures conférences, vous trouverez le texte dans beaucoup de langues, dont le français.

Tuto, en vidéo

Jeremy Blum, en association avec Element14, a enregistré 14 tutoriels video sur l’arduino. Cela va du simple au complexe… C’est bien fait et utile. Bonne projection !

• Tutorial 01 for Arduino – Getting Acquainted with Arduino
• Tutorial 02 for Arduino – Buttons, PWM, and Functions
• Tutorial 03 for Arduino – Electrical Engineering Basics
• Tutorial 04 for Arduino: Analog Inputs
• Tutorial 05 for Arduino: Motors and Transistors
• Tutorial 06 for Arduino – Serial Communication and Processing
• Tutorial 07 for Arduino – I2C Communication and Processing
• Tutorial 08 for Arduino: SPI Interfaces
• Tutorial 09 for Arduino: Wireless Communication
• Tutorial 10 for Arduino: Interrupts and Hardware Debouncing
• Tutorial 11 for Arduino: SD Cards and Datalogging
• Tutorial 12 for Arduino: RFID Card Reading
• Tutorial 13 for Arduino: Liquid Crystal Displays (LCDs)
• Tutorial 14 for Arduino: Holiday Lights and Sounds Spectacular!
• Tutorial 15 for Arduino: GPS Tracking

Intro et Tuto, textes

Le premier lien à consulter, c’est la page d’accueil de la référence Arduino en français. Une autre bonne page de référence, c’est celle du crouwd by wikipedia.

Sur le site Flossmanuals (une excellente plateforme de partage et de co-création plurilingue), on peut consulter en html ou télécharger un document en PDF d’une lecture agréable et facile (et en français). Le même est aussi disponible en livre électronique en ePub.

Si vous avez d’autres bonnes pages à me signaler pour que je complète ce post, je vous en remercie d’avance.

Je complète mon post précédent « Datalift et le développement de la télésanté » en relevant certains passages du rapport de Pierre Lasbordes, Député de l’Essonne.

« L’effort supplémentaire financé par le Grand emprunt pourrait porter sur 1,5 à 2 milliards€ destinés à financer l’amorçage du déploiement de la télésanté (infrastructures, financement d’une partie des projets pilotes confiées aux ARS, transformations des organisations et des pratiques et accompagnement, du changement, aides à la structuration de la filière industrielle (produits et services), réamorçage des projets de recherche et développement dédiés à la télésanté intégrant les apports des nouvelles technologies de communication (web 2.0, web des objets, web sémantique, interface homme/machine conviviaux, capteurs, nanotechnologies, sécurité et sûreté…) et des avancées dans le traitement des grandes pathologies cibles (diabète, cancers, obésité, insuffisances cardiaque et respiratoire…). Les gains de productivité et de qualité obtenus par la télésanté ont vocation à financer la généralisation au-delà des phases pilotes et les frais de fonctionnement. »
Page 33

« Cependant, si de nombreuses expérimentations ont été déployées localement pour résoudre des problématiques de soutien de populations isolées, notamment insulaires, il faut constater que les applications de la télésanté (réseau à haut débit, Internet, communications mobiles, PAD hier – très haut débit, Internet des objets, nanotechnologies, Internet sémantique demain) ont progressivement envahi la plupart des champs de la santé que ce soient en termes de pathologies, de mode opératoire, de cycle de vie de la prévention au suivi thérapeutique en passant par l’aide au diagnostic. Il est généralement admis que les nouvelles pratiques introduites à l’instar des grands pays modernes par la télésanté deviendront vraisemblablement incontournables et que la médecine de demain intégrera de manière native et naturelle l’ensemble de ses composants. Il devient impératif de s’engager maintenant, à l’instar des grands pays développés, et de la manière la plus volontaire sur un développement qui conditionne notre santé de demain et celles des générations futures »
Pages 38-39

« La majorité des technologies sont d’ores et déjà disponibles et les apports majeurs des nanotechnologies, de l’interactivité du web 2.0, de l’Internet sémantique et des objets vont élargir de manière considérable le spectre des usages potentiels de la télésanté. Les industriels n’ont que quelques blocages à lever comme notamment les adaptations nationales de leurs offres, l’intégration et l’interopérabilité avec les systèmes existants, une ergonomie masquant les aspects techniques pour le patient, l’émergence de plates-formes de services intégrés… »
Page 96

« La couche « sémantique » existe hors informatique : elle concerne la compréhension des données elles-mêmes par les applications – puis les êtres humains. Elle pose le problème de la langue, des nomenclatures et des codes pour identifier les affections, les traitements, les équipements… Si l’interopérabilité sémantique n’est pas possible, les applications qui travaillent finement sur les données ne peuvent être mises en œuvre et les humains doivent intervenir. »
Page 115

« Les codes, les nomenclatures et les sémantiques
Il s’agit du niveau le plus complexe et le plus difficile, parce qu’il exige des accords au sein de communautés importantes et la gestion de grands référentiels, dans un domaine où les techniques évoluent rapidement. Il faut en outre prendre en compte, pour les échanges, le fait que les acteurs utilisent les codes en fonction de leurs besoins propres : c’est ce qui explique la multiplicité des nomenclatures médicamenteuses ou même le fait qu’on ait pour la médecine, la CIM-10 qui serve pour la T2A, en même temps que se développent de grands référentiels internationaux comme la classification SNOMED (106 000 concepts) ou l’ontologie SNOMED-CT (330 000 concepts) qui visent à identifier l’ensemble des concepts de la médecine. »
Page 116

« La recherche et développement des industriels
Les industriels doivent s’impliquer dans les projets au sein desquels leur savoir faire est immédiatement utilisable. (…) tant dans le domaine médical (un des axes majeurs du SNRI et des propositions du Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche pour le Grand emprunt) que dans le domaine numérique (Web 3.0, Web des objets, Web sémantique, nanotechnologies, interfaces hommes/machines, encryptage…). Les pôles de compétitivité (notamment Medicen, System@tic, Images et réseaux, Capdigital…) et les grands organismes de recherche (CEA, CNES, INRIA, INSERM…) doivent encourager le développement de projets compétitifs associant des expertises issues d’industries et de taille d’entreprises très différentes en apportant structure d’accueil, expertises en termes de recherche et développement, compétences en matière de montage et de pilotage de projets multidisciplinaires.
Pages 128-130

Quels seront les résultats des projets lauréats du Grand Emprunt ? Est-ce que la médecine en sera transformée ? Dans quelle mesure ? Le patient sera mieux soigné, mieux pris en compte ?

Il est certain qu’il y a là les prémices d’un bouleversement …

Télésanté et télémédecine se distinguent maintenant nettement. On ne peut plus les confondre.

Télésanté : ce sont des moyens techniques qui permettent le suivi à distance de patients à domicile. Ces outils ne demandent pas l’expertise d’un personnel spécialisé, le patient s’en sort tout seul. On pense par exemple au thermomètre, à la balance médicalisée, etc. La particularité de ces équipements est qu’ils communiquent avec un professionnel de la santé qui saura interpréter toutes les informations et prendre des décisions en fonction. En permettant la transmission à distance (merci Internet), la télésanté améliore la qualité de la prise en charge des patients.

Télémédecine : Quand il s’agit d’établir un diagnostic, d’assurer un suivi à visée préventive ou post-thérapeutique, etc. d’un patient qui ne peut pas se rendre chez le personnel de santé ou réciproquement lorsque le personnel de santé ne peut pas se rendre chez le patient, il existe aujourd’hui une solution : la télémédecine. C’est ainsi, par exemple, que dans des pays vastes et très peu peuplés, la médecine générale « classique » est difficilement praticable. Avec la téléconsultation, un médecin peut être en mesure d’agir à distance. La télémédecine comprend encore ce qu’on dénomme la téléassistance et la téléchirurgie.

Le développement de la télésanté est lié à l’apparition de nouveaux matériels communiquant, il ne se passe pas une semaine sans de nouvelles annonces, et à la création d’infrastructure technique pour gérer les données et leurs communications. Le web des données et le web des objets sont particulièrement concernés. C’était le propos que je défendais le 19 octobre 2010 à la journée organisée à l’Ecole Télécom ParisTech à Paris par la Fondation Motrice « Quand les objets communicants & intelligents se mettent au service de la santé et du handicap ». Mon intervention, sous le titre de « Infrastructure sémantique pour objets communicants, web de données et télémédecine » (au passage, il faut noter que le titre devrait être « Infrastructure sémantique pour objets communicants, web de données et télésanté »).

Recherche et Développement, innovation sont sollicitées pour apporter des solutions concrètes. Tout le monde attend ! Plusieurs petites sociétés apportent des réponses pertinentes. Il faut aussi, sans retard, que toutes ces offres se structurent et que l’interopérabilité soit au rendez-vous pour éviter un phénomène de fragmentation, de dispersion, dont la première victime serait, outre le patient, le système de santé lui-même.

Infrastructure du web des données. Des projets comme Datalift vont apporter des réponses tangibles dans le domaine du web des données. La télésanté a besoin que des ontologies se définissent et s’alignent pour que les données du diagnostic s’interconnectent : le médecin aura alors à sa disposition l’ensemble des informations et pourra prononcer son diagnostic avec le minimum de risque.

Annexe

Le rapport Lasbordes fait 15 recommandations (15 oct. 2009) :

1- Concrétiser l’engagement pour la télésanté par un déploiement pluriannuel régional de projets pilotes
2- Réduire la fracture territoriale sur le plan médical et médico-social
3- Mettre en place des services de télésanté pour favoriser le maintien à domicile et accompagner la sortie d’hospitalisation
4- Offrir un meilleur usage de la permanence des soins notamment l’accès aux urgences
5- Mobiliser la télésanté au service des handicapés et des personnes âgées dépendantes
6- Ouvrir les établissements pénitentiaires à la télésanté
7- Sécuriser et responsabiliser les acteurs par la mise en place d’un nouveau cadre juridique
8- Définir de nouveaux modes de rémunération maîtrisés
8- Labelliser les services et les produits et accréditer les prestataires
9- Former tous les professionnels de santé, les professionnels médico-sociaux et les aidants
10- Ouvrir un portail « grand public » d’information sanitaire, médicale et médico-sociale
11- Mettre en oeuvre une politique industrielle incitative et innovante
12- Améliorer l’observance médicale et développer l’éducation thérapeutique des patients
13- Sélectionner les investissements productifs
14- Lancer un plan de communication national pour informer et générer l’intérêt et la confiance.
15- Lancer un plan de communcation national pour informer et générer l’intérêt et la confiance